東沙環礁接近珊瑚多樣性的分布熱點—珊瑚大三角（the Coral Triangle，由菲律賓、馬來西亞、印尼、東帝汶、巴布新幾內亞、所羅門群島等國家的淺海區域所構成的大三角地帶，珊瑚種類多樣性高），海洋生物多樣性非常豐富。且東沙環礁是南海北部唯一的大型珊瑚礁，因位居南海至台灣海峽和西太平洋的樞紐位置，為南海種原中心往北擴散的中繼點，海洋生物會聚集在此覓食、休息、尋找同伴、繁衍下一代，故東沙環礁的資源保育，等於是增加臺灣海域生物資源的產量。
珊瑚是由許多珊瑚蟲組成的群體，珊瑚蟲屬於刺胞動物門（Cnidaria），牠的外形像一朵花，上半部由一圈觸手圍繞著口構成，下半部像一個圓筒，中間是消化腔，整個珊瑚蟲伸展開來就像朵花，收縮起來則藏在自己外表骨骼中。東沙的珊瑚種類可分為石珊瑚、八放珊瑚和水螅珊瑚，各有不同的形態特徵。但並不是全部的珊瑚種類都會形成珊瑚礁，會形成礁的珊瑚稱為造礁珊瑚，大部分的石珊瑚種類都是造礁珊瑚，亦有某些軟珊瑚種類具有造礁功能。珊瑚礁複雜的空間結構，提供許多海洋生物繁衍的棲所。珊瑚的組織內，含有大量的共生藻，加上生活在珊瑚礁的大型和微細藻類，都是很有效率的初級生產者，供給珊瑚和其他生物利用，因此，珊瑚礁是「海洋的熱帶雨林」，為地球上生產力及生物多樣性最高的生態系之一。
東沙環礁至2013年珊瑚生物相方面已調查研究記錄到321種珊瑚包括：石珊瑚（Scleractinia）257種、八放珊瑚56種（Octocorallia，包括軟珊瑚、柳珊瑚、笙珊瑚、藍珊瑚）、水螅珊瑚（Hydrocorallia）6種、黑角珊瑚（Antipatharia Antipathes sp.）2種。。依據臺灣生物多樣性資訊網的資料顯示，其中東沙的石珊瑚物種約佔全臺灣石珊瑚類的81.5%，由此可見東沙環礁的重要性。
另外，東沙外環礁海域的珊瑚群聚仍保持在良好狀態，珊瑚主要分布在礁脊表面和溝槽兩側，覆蓋率可達80% 以上，以石珊瑚類和軟珊瑚類為群聚的優勢種，石珊瑚類以桌形和分枝形的軸孔珊瑚最佔優勢，通常礁石表面密布各類的桌形軸孔珊瑚，其中夾雜分布一些粗狀分枝的軸孔珊瑚和巨枝鹿角珊瑚，其次是團塊形的菊珊瑚、角菊珊瑚、角星珊瑚、合葉珊瑚、苔珊瑚和雀屏珊瑚等種類，環礁外部靠北面處並有表覆形的表孔珊瑚和片珊瑚種類，在大型礁塊的側面則有柳珊瑚分布，又以紅扇珊瑚最為常見；軟珊瑚類則以肉質軟珊瑚、葉形軟珊瑚和指形軟珊瑚為主。
環礁礁台珊瑚群聚以團塊形和表覆形的石珊瑚群體為主，包括有微孔珊瑚、菊珊瑚、角星珊瑚、腦紋珊瑚等。礁台的地形平坦，表面並出現些許潮池，潮池中有豐富的生物相，包括大型海藻和海草，以及海鞘、棘皮動物的海膽、陽隧足和海參、環節動物多毛類與刺胞動物的海葵和水螅等。綜合而言，礁台區的生物量和生物多樣性都很高。環礁潟湖，中央區域水深約10 公尺至20 公尺，周圍鄰近礁台處的水深約在5 公尺以內。現生珊瑚覆蓋率在潟湖東部可在55% 以上，但在西部則不到25%。潟湖中央區域以蕈珊瑚科種類為主，包括蕈珊瑚、蛞蝓匐石珊瑚、多葉珊瑚、強壯屐珊瑚和鋸齒屐珊瑚等，亦有零散分布的葉片形片棘孔珊瑚和芽棘孔珊瑚等大珊瑚群體和菊珊瑚科的小群體。環礁潟湖南部區域，為塊狀礁和沙地交錯分布的底質，主要是團塊形的微孔珊瑚大型群體，菊珊瑚科的小群體在此區亦屬常見，塊礁間則是珊瑚骨骼碎片和珊瑚細沙。靠近潟湖北部的底質，乃大多為珊瑚骨骼碎片，現生珊瑚以微孔珊瑚較多，其他則為少數的軸孔珊瑚、蕈珊瑚、菊珊瑚、棘葉珊瑚、片棘孔珊瑚、斜花珊瑚、瓣葉珊瑚和合葉珊瑚等種類，多樣性甚高。
數位典藏資訊：http://npda.cpami.gov.tw/tab8/web8_page2.php?park=G&ct=85
所有圖片資料來源：http://dongsha.cpami.gov.tw/tw/marineCoral.aspx
